Существует много теорий о том, как возникло ниндзюцу. Прежде всего, следует отметить, что ниндзюцу не появилось в виде специфического и точно определенного вида воинских искусств. Прошло немало веков, прежде чем оно установилось в качестве независимой системы знаний и умений. Те, кого позже стали называть ниндзя, исходно не прилагали к себе такого термина; скорее, они считали, что действуют в соответствии с политическими, религиозными и военными стратегиями, находившимися в культурной оппозиции взглядам и ситуации в их время. Ниндзюцу развивалась как в высшей степени нелегальная анти-культура в противовес системе представлений правящей самурайской элиты; ясно, что уже по одной этой причине происхождение искусства веками окутывалось облаком мистики, таинственности и намеренных искажений исторических событий.

По мере того, как росла популярность ниндзя, множились и истории об их сверхъестественных способностях. Такая репутация поддерживалась и ими самими, поскольку в целом они были слабее своих противников-самураев и могли быть стерты с лица земли окружавшими их воинственными семействами. Им было, безусловно, выгодно, чтобы о них говорили, как об обладающих силой десятерых, способных превращаться в животных, летать и становиться невидимыми. Уже в наше время кинематограф добавил свою лепту, показав "способности" ниндзя перепрыгивать единым махом через высокие строения, ловить пули ртом и предсказывать будущее.

Чтобы понять источник эффективности ниндзя и то, отчего на них был такой высокий спрос, следует попробовать понять самих самураев. В целом их жизнь и смерть зависели от меча; страх же смерти отсутствовал. Они всегда и во всем следовали неписанному воинскому кодексу Бусидо, отклонение от которого почти неизменно вело к сэппуку (разрезанию собственного живота). У ниндзя не существовало никакого кодекса; единственное, к чему они стремились, любыми средствами достичь своей цели. Это давало им массу преимуществ, не говоря уже о большом выборе оружия. Самураи не могли тайком проникнуть в дом противника, так как это противоречило их морали; они не могли также заниматься убийствами из-за угла или актами саботажа. Именно здесь на сцену выступали ниндзя. Проскользнуть за спиной самурая и убить его еще до того, как тот ощущал опасность (чего Бусидо не позволило бы никогда) было для ниндзя вполне допустимым, поэтому самураи боялись их, хотя, разумеется, об этом никогда не говорилось вслух.

В легендах об основании правящей императорской фамилии в Японии, передававшихся изустно на протяжении поколений до того, как возникли первые письменные анналы, двое персонажей, напоминающих нам ниндзя, помогли первому императору Дзимму добиться решающей победы. Дзимму сражался с войсками из замка Исо, и обстоятельства складывались не в его пользу. В одну из ночей будущему императору было сказано во сне, что необходимо достать глины с горы Амакага и сделать из нее священный сосуд. Амакага была священным местом, находившимся посреди территории, занятой силами Исо. Обретение этой глины стало символом намерений и решимости Дзимму покорить замок Исо. Своему повелителю помогли некие Синэцухико и Отоками, переодевшиеся стариком-крестьянином и его женой и удачно проникшие на вражескую территорию; они набрали глины и беспрепятственно вернулись назад. После этого Дзимму слепил из этой глины подставку и сосуд, обжег их и сделал подношение богам удачи, после чего бросился в сражение и победил. Император Дзимму поставил Окумэно Микото во главе школы синобу-хо, или "искусства сокрытия". Тот оставил одного из своих сподвижников в Кисю, чтобы тот активно занимался синобу-хо. Он стал посвящать в искусство воинов-аскетов, посещавших Кумано в Кисю. Все знают историю о Ямато Такэру-но Микото, который с помощью синобу-хо подавил восстание Кумасо, приняв женский облик. Считается, что Сётоку Тайси (574-622) также пользовался ниндзя для укрепления государства.

Есть версия, что ниндзюцу началось с Отомо-но Хосото, прославленного воина из провинции Оми (сейчас - префектура Сига), находившегося на службе у принца Сётоку. Существуют и другие теории; так, школа Кога прослеживает его происхождение до легенды о Сусаноо-но Микото, яростного брата богини солнца Аматэрасу Оомиками, превратившего свою невесту Кусинада Химэ в гребень, который он затем воткнул себе в волосы. В школе Ига родоначальником считается бог Таками Мусуби-но Ками, который вел разведку вражеских позиций с помощью крестьян, которым приказал заниматься шпионажем. По мнению школы Хаттори, искусство было привезено Сюфу (яп. Дзёфуку), прибывшим в Японию из циньского Китая (в период 221-206 гг. до н. э.).

В немногих сохранившихся документах упоминаются китайские эмигранты, перебравшиеся на японские острова. Воины, ученые и монахи начинали свою новую жизнь в труднодоступных районах Исэ и Кии к югу от столицы Нара, а затем Киото. Даосы Гамон, Гарю, Каин и Унрю; военачальники танского Китая Тё Гёкко, Икаи и Тё Бусё привезли с собой знания, накапливавшиеся на их прежней родине столетиями. Военные стратегии, религиозные философии, фольклор, культурные концепции, медицинские практики, вообще, весь широкий спектр знаний из индийских, тибетских, китайский и южных источников, явился их подарком для последователей в Японии. Весьма удаленные от столичного императорского двора, культурные предшественники ниндзя жили в тесной связи с природой и мистицизмом, в то время как общество становилось все более структурированным, разделенным на ранги, стилизованным и, наконец, строго контролируемым. Время шло; ниндзя и их методы действий, известные как ниндзюцу, стали непременно присутствовать за сценой каждого политического события. В районах Ига и Кога ниндзюцу превратилось в особое искуство, практиковавшееся и оттачивавшееся более чем в 70 семействах, каждое из которых гордилось собственными уникальными методиками, мотивациями и идеями.

Ниндзюцу достигло своего расцвета в период Сэнгоку (1467-1568), когда воевавшие друг с другом удельные князья использовали организованные группы ниндзя для получения сведений о планах и действиях своих противников. Бродячие отряды самураев из провинции Ига (сейчас префектура Миэ) рядом с Киото и из района Кога в Оми считаются первыми, кто довел до совершенства искусство ниндзюцу.

Поскольку ниндзя были в полном смысле слова "разведчиками-нелегалами", они вели скрытное существование. Осталось очень мало письменных источников, поскольку, как и в случае с прочими воинскими искусствами, все приемы передавались устно. Одно из немногих сохранившихся описаний традиций школ Кога и Ига - "Мансэн сюкай" (1676), составленное Фудзибаяси Самудзи. Это обширный рукописный труд, четыре книги которого посвящены индзюцу, а пять - ёдзюцу. Центральная его тема - производство и практическое использование секретных приспособлений. Хотя терминология, описывающая практики ниндзя, звучит несколько странно, в сущности в ней нет ничего особо мистического.

"В каждом японском воинском искусстве веет дзэнский ветер", писал один знаток. Без этого духа в человеческом теле никто и никогда не сможет обрести син-дзин син-ган (в устной речи произносится как кандзин-канамэ) сущностного секрета ниндзюцу. Термин буквально переводится как "божественное сознание божественный глаз". Обучающийся воинскому искусству, в данном случае ниндзюцу, должен вырабатывать человечность. Сознание, возникающее из этой человечности, становится сердцем и глазами ками (божества). Под "человечностью" (или "человеколюбием") здесь подразумевается отнюдь не братская любовь к окружающим, но четкое понимание места каждого индивидуума в системе мироздания и в социуме. Это понимание придавало ниндзя дополнительные возможности реально оценить свои шансы при выполнении задания. "Отсюда возникает возможность реально увидеть счастье, поскольку человек отдает себя под защиту ками". Иными словами, обретести кандзин-канамэ означает постичь небесный закон.

Ниндзя всегда должен быть искренен и справедлив, то есть адекватно воспринимать ситуацию, воздавая каждому ровно столько, сколько требуется, не больше, но и не меньше. Искренность интерпретируется иногда как "доверие"; соответствующий этому понятию иероглиф син имеет в японском языке много значений. Его можно понимать как "пришествие", "прибытие" (в значении явления сознания и глаза ками, или общения ками и живого существа). Это можно перевести также как "преданность" или "отсутствие подозрений". Ничто не бывает столь же неопределенным, как собственное знание, свой "здравый смысл". Независимо от них, решительно их отстранив, следует всего себя подчинить занятиям, в особенности в период сомнений. Крайне важно научиться пребывать и наслаждаться в мире пустоты; в нем следует видеть суть всех "смыслов", "знаний" или "божественных сознаний", принимать решения и переводить их в действия. Таков путь к просветлению. Это также способ обретения шестого чувства, необходимого воину и ниндзя.

Необходимо понимание вырабатывание человечности и слияние с небесным. Естественные элементы "дерево" (моку), "огонь" (ка), "земля" (до), "металл" (кин) и "вода" (суй) не могут существовать без земли. Точно так же, четыре сезона: весна, лето, осень и зима не могут быть четко разделены без сезона доё, или "дней собаки". Сезоны без доё, как пять элементов без земли теряют смысл. Человек, когда он искренен и поступает справедливо, живет в соответствии с небесной справедливостью. Обретая понимание небесной справедливости, он исполняет волю ками. Вот, что подразумевается под "сознанием и глазом ками". Таким образом, ниндзя это лицо, знающее, что есть справедливость.

Таковы основные требования к ниндзя, а отнюдь не их способность становиться невидимым или какие-то сверхъестественные действия. Не следует путать их с циркачами, грабителями, убийцами или предателями. Это люди терпения и выносливости.

Существуют "пять заповедей" ниндзя, которые надо вспоминать в момент грусти, несчастья, болезни, ранения или отчаяния. Они просты, но, как это часто бывает, чрезвычайно сложны для следования:
1) забыть свои горести, гнев, раздраженность и ненависть. Пусть они уйдут, как дым.
2) не сходить с пути истины, вести жизнь, достойную мужчины. Не надо стремиться стать святым или великим, надо быть обычным человеком. Присутствие истинного разума в самом простом существовании.
3) не быть опутанным сетями жадности, роскоши или собственного "я". Если заниматься воинскими искусствами лишь как забавой и всегда пытаться опереться на что-либо иное просто потому, что так легче, то станешь подвержен влиянию именно этих трех желаний, даже если уже достиг высокого уровня в военном деле. Эти три желания в конечном счете разрушат не только воинское умение, но и саму человечность. К смерти есть два пути: радости и страдания. Слово "радость" употреблено здесь в божественном смысле, а не в значении получения удовольствия от приятного времяпровождения. Достигнув этого уровня жизни, узнаешь истинную цель своего существования.
4) следует принимать горести, грусть и ненависть такими, какие они есть и считать их дополнительным испытанием, присланным ками. В нимпо ("учении сокрытия") благородство духа состоит в том, чтобы воспринимать все, как благословенное послание природы. Когда стремишься пройти сквозь нечто, твои старания некоторыми воспринимаются как угроза в их адрес, ведь они крепко схвачены собственным эгоизмом. Они вполне могут бросить в вас камнем. И это следует воспринимать как благословенный камень, брошенный рукой ками.
5) Все ваше время, все ваше сознание всегда и полностью должно отдаваться будо ("воинскому пути"), быть накрепко завязанным на будзюцу ("воинском искусстве").

Для того, чтобы не потеряться, не сбиться с пути и не быть проглоченным собственными обманами или изменениями восприятия, ниндзя должен выработать сэйсин, или "чистоту сердца". "Чистота" здесь означает "полноту", "общность". Ниндзя носит истину в своем сердце, хотя перед другими и может представать в самых различных психологических обликах. Его намерения отличаются предельной решительностью, хотя другим может быть совершенно неясно, во что эта решительность выльется. Поскольку он предельно честен с самим собой на всех уровнях интроспекции, то может путешествовать по равнинам лжи и неправды, не загрязняя себя и свой дух. Он способен сознательно окунуться в ледяную тьму, будучи совершенно уверен в своей способности осветить ее тем светом, который носит в своем сердце. Мы, таким образом, видим, что психология ниндзя строилась на отсутствии любых ограничений морального и этического толка. "Человечность", "искренность", "чистота" - все это были лишь средства для достижения целей, к которым невозможно приложить эти определения.